8月31日晚，2021-2022赛季CBA国内球员注册截止。周琦最终没有出现在新疆队的注册名单中，他也不在官方公布的自由球员之列。

　　今年的CBA休赛期，周琦就续约问题与新疆队产生纠纷。他因此上诉至CBA公司和中国篮协申请调解，希望能够恢复自由球员身份，但周琦的申请均被驳回。

　　尽管新疆队早在6月25日，就为周琦提供600万元年薪的顶薪续约合同，但迟迟未能得到周琦方面的回应。双方始终未能形成有效的沟通。最终在8月29日，周琦通过个人社交媒体宣布，自己将退出新赛季的CBA比赛，维护球员自身的合理合法权利。

　　随着8月31日晚CBA注册截止，在官方程序的角度，周琦仅剩下一种可能性还可以参加新赛季CBA，那就是赛季中期还有一个注册窗口期可以转会。不过注册窗口期只适用于已注册球员和自由球员，目前周琦的身份不属于以上范畴。是否能成为自由球员，还有待后续的进一步认定。

　　2020-2021赛季，周琦为新疆队出战44场比赛，场均出战32.7分钟，每场贡献20.7分、11.9个篮板、2.7次助攻和2.3次盖帽，是球队的内线核心。